ראשיתה של הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון בהקמת המדור להנדסת מזון וביוטכנולוגיה בשנת 1955, שבראשו עמד יוסף ברוורמן.

בשנת 1967 הפך המדור למחלקה. בשנות ה-80 קיבלה המחלקה דחיפה משמעותית עם האצת ההתפתחות בתחום הביוטכלונוגיה המולקולרית. נוסד המסלול הראשון בארץ להנדסת ביוטכנולוגיה, נחנכו המעבדות לביוטכנולוגיה על שם אוטו-מאירהוף באגף על שם שירלי וארתור ובשנת 1991 הפכה המחלקה לפקולטה.

בשנת 2004 הוחלט על שינוי שמה של הפקולטה מהפקולטה להנדסת מזון וביוטכנולוגיה לפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון.

כיום, פקולטה זו היא בין הבודדות בעולם המשלבת את תחומי הביוטכנולוגיה והמזון תחת קורת גג אחת.