בשנת 1966 הקומה המעבדה למיקרוסקופית אלקטרונים בתקציב של 100,000$, ליוזמה זו קדמו שני ביקורים של פרופ' דוד ברנדון עם נשיאי הטכניון פרופ' יעקוב דורי ופרופ' אלכסנדר (סשה) גולדברג.

המיקרוסקופ האלקטרוני הראשון 7 JEM הגיע ב-1967, קצת לפני מלחמת ששת הימים. הייתה זו חגיגה ובאו כל המי ומי בטכניון, כדי לברך על קבלת המיקרוסקופ. פרופ' ברנדון והטכנאי היפני שהגיע עם המיקרוסקופ, היו היחידים שידעו להפעיל אות המיקרוסקופ. לפני שהחלו להפעיל את המיקרוסקופ באופן מסודר, פרצה מלחמת ששת הימים. כדי לשמור על הרכוש היקר, שמו שקי חול מסביב למיקרוסקופ. אחרי המלחמה הוסרו שקי החול והמשתלמים הראשונים התחילו להשתמש במיקרוסקופ.

כאמור, בהעדר טכנאי, תחזוקת המיקרוסקופ והרישום לשימושו נעשו ע"י המשתלמים והפיקוח ע"י פרופ' ברנדון. בהמשך גדל בפקולטה דור של מומחים למיקרוסקופית אלקטרונים, הבולט שבהם פרופ' אמריטוס דן שכטמן, שלימים זכה בפרס נובל לכימיה בשנת 2011 על תגליתו: מבנה גבישי חדש – גבישים קוואזי-מחזוריים.

כיום, המרכז למיקרוסקופית אלקטרונים הממוקם בפקולטה למדע והנדסה של חומרים מאובזר במיקרוסקופים המתקדמים בעולם, תומך במחקר של חברי הסגל בטכניון, מכוני מחקר, מוסדות אקדמיה בארץ וברחבי העולם ונותן שירות למעבדות מחקר, מחלקות ייצור, מחקר ופיתוח וניתוח כשלים עבור מגוון תעשיות בארץ ובעולם.