הפקולטה לרפואה הוקמה בעיר חיפה בשנת 1969 על ידי קבוצת רופאים שהבינו את החשיבות של בית ספר לחינוך רפואי ומחקר בצפון ישראל. המחזור הראשון כלל 43 תלמידים שהשלימו את הלימודים הפרה-קליניים שלהם בחוץ לארץ התלמידים התקבלו לפקולטה לתכנית ארבע-שנתית והשלימו את חובותיהם לתואר דוקטור לרפואה (M.D.) לאחר שנתיים של לימודים פרה-קליניים ושנתיים נוספות של הכשרה קלינית בבתי חולים בארץ.

ב-1971, אישר הסנט של הטכניון את הצטרפות בית הספר לרפואה לטכניון ועד היום הפקולטה היא אחד מבתי הספר לרפואה הבודדים בעולם הפועלים במכון טכנולוגי!

הדיקן הראשון ומנהלו הראשון של בית הספר לרפואה היה פרופ' דוד ארליק.

הפקולטה גם כוללת תכנית לתלמידי מחקר וגאה מאוד על שני חברי הסגל זוכי פרס הנובל לשנת 2004 בכימיה, פרופ׳ מחקר אברהם הרשקו ופרופ׳ מחקר אהרון צ׳חנובר.